Le processus de maltage commence par le trempage des grains secs dans de l'eau froide afin de les réhydrater ; cette opération est traditionnellement réalisée dans une grande cuve d'eau ou un bassin de trempage situé au fond du grenier à orge.

On favorise ensuite la germination des grains humides. On les étale sur le sol et on les retourne régulièrement jusqu'à l'apparition des racines et des pousses. Les enzymes libérées dans chaque grain lors de la germination contribuent à la dégradation des parois cellulaires et à la transformation des amidons stockés en sucres solubles.

Les grains maltés sont transférés dans un dispositif de chauffage pour stopper la germination. Traditionnellement, le malt était transféré dans le four à malt où il était étalé sur un sol perforé ; la germination était stoppée par l’air chaud remontant du four situé en dessous.

L'appareil de chauffage est alimenté par un combustible sans fumée. Toutefois, si du malt tourbé est nécessaire, de la tourbe sera également brûlée. Traditionnellement, la chaleur et la fumée résiduelles étaient évacuées par une cheminée appelée toit en pagode.

L'orge maltée est moulue dans un moulin pour obtenir une farine grossière appelée mouture. La mouture est mélangée à de l'eau chaude dans une grande cuve appelée cuve de brassage.

On remue le mélange, qui ressemble à de la bouillie, pour favoriser la dissolution des sucres solubles dans l'eau chaude.

L'opération est répétée plusieurs fois, à chaque fois avec de l'eau plus chaude. Ceci permet une extraction maximale des sucres et la destruction des enzymes et autres substances indésirables.

Le liquide chaud et sucré, appelé moût, est égoutté, refroidi et stocké. Le moût a souvent un goût sucré, semblable à celui du thé vert. Le résidu solide, ou drêche, peut être transformé en aliment pour le bétail, voire expédié à des agriculteurs au Japon.

Les cuves à moût traditionnelles en fonte, avec leur système de brassage interne à denture crantée, de Bruichladdich, Edradour et Springbank, ont toutes plus de cent ans.

Le nombre de cuves de fermentation varie selon les distilleries écossaises : deux à Abhainn Dearg sur l’île de Lewis, six à Bowmore et une vingtaine à Glenfiddich.

La distillation du moût permet de concentrer l'éthanol. Le moût est chauffé dans un alambic à cuve et, lorsqu'il atteint une température suffisante, les alcools s'évaporent dans le col de cygne et se condensent dans un condenseur, traditionnellement un serpentin de distillation. En refroidissant, les vapeurs se liquéfient ; ce liquide, titrant environ 20 % d'alcool en volume, est appelé « vin de distillation ». Quelques distilleries, dont Dalwhinnie et Pulteney, utilisent encore des serpentins de distillation traditionnels.

Les vins de première distillation sont acheminés vers l'alambic pour une seconde distillation. Le premier liquide obtenu, appelé tête de distillation, est recueilli et mis de côté. La deuxième coupe, à forte teneur en éthanol, sera transformée en whisky, tandis que la troisième coupe, appelée queue de distillation, est également mise de côté. La première et la troisième coupes sont utilisées pour la distillation suivante dans l'alambic de deuxième distillation. La tête de distillation constitue l'alcool de base, titrant généralement entre 60 % et 75 % d'alcool en volume.

La seconde distillation, et les suivantes, permettent de concentrer l'éthanol et d'éliminer les alcools indésirables comme le méthanol. La plupart des distilleries écossaises pratiquent la double distillation, tandis que quelques-unes, dont Auchentoshan et Springbank, ont recours à la triple distillation.

L'eau-de-vie nouvellement distillée peut être légèrement diluée avec de l'eau avant d'être mise en fûts de chêne. Ces fûts sont ensuite entreposés dans des chais en Écosse et laissés à vieillir tranquillement pendant au moins trois ans. Pour des raisons de sécurité, notamment en raison des risques d'incendie et d'inondation, les fûts peuvent être stockés à la distillerie et dans des chais répartis à travers l'Écosse.

On utilise des fûts de formes et de tailles variées, le plus souvent des fûts de sherry, des fûts de porto, des fûts de bourbon et des fûts de vin. Ils peuvent être entreposés dans des chais traditionnels à sol en terre battue, murs en pierre et toits d'ardoise, ou sur des étagères ou des palettes pouvant atteindre une douzaine de hauteur dans des entrepôts métalliques modernes.

De nombreuses distilleries continuent d'utiliser des entrepôts de stockage, par exemple Bowmore, Port Ellen et Highland Park.

On retire le bouchon, on couche le fût sur le côté et on laisse le whisky s'écouler dans une cuve. On peut ensuite réduire le degré d'alcool par ajout d'eau, puis on remplit la bouteille de 70 cl, manuellement ou à l'aide d'une machine.

Contrairement au vin, le whisky ne subit aucune maturation supplémentaire en bouteille. Son contenu est généralement retenu par un bouchon de liège ou une capsule à vis. Glenglasssugh, Bruichladdich et Springbank embouteillent leur whisky directement à la distillerie et utilisent de l'eau locale.

Il n'y a pas que les distilleries qui embouteillent leur propre whisky. Des embouteilleurs indépendants achètent des fûts et les mettent en bouteille sous leur propre marque. Cela offre un choix encore plus vaste. Parmi les embouteilleurs indépendants, on trouve Gordon & MacPhail, Hunter Laing & Co et Signatory Vintage.